Muitos dos embates perante as autoridades fiscais e o Poder Judiciário têm como cerne a discussão do tratamento tributário ajustado à lógica operacional das cooperativas, quando da realização dos chamados atos cooperativos. A OCB atua ativamente nos Três Poderes pela garantia constitucional do adequado tratamento tributário ao ato cooperativo. A defesa dessa adequação passa por leis, atos normativos e decisões judiciais que reconheçam a neutralidade fiscal na cooperativa e a incidência de tributos, quando e se configurar fato gerador tributário, no cooperado, onde se fixa efetivamente a riqueza, evitando a duplicidade de cobrança e a ocorrência de tributação mais gravosa ao modelo cooperativo em relação aos demais modelos de negócio.